Theo thư tịch cổ của Chùa Dơi còn lưu giữ, chùa được khởi dựng từ năm 1569, do ông Thạch Út đứng ra xây dựng. Khởi đầu, chùa được xây dựng bằng gỗ, lợp lá dừa nước, trải qua nhiều lần tu sửa, đến năm 1960 ngôi chính điện được trùng tu lại bằng vật liệu kiên cố.

Chùa Dơi là một tổng thể kiến trúc bao gồm: ngôi chính điện, Sala, nhà tăng, phòng khách, hồ cá, lò thiêu, các tháp để tro cốt,... toàn bộ các công trình được bố trí hài hòa trong một khuôn viên rộng trên 03 hecta.

Chung quanh quần thể kiến trúc của chùa là vườn cây cổ thụ, lúc nào cũng có những "chùm dơi" treo mình lủng lẳng trên cành, trông giống như những vườn cây trúng mùa trĩu quả. Không ai biết được loài dơi này đã có từ bao giờ, có thể từ khi khởi dựng chùa hoặc lâu hơn nữa.

Cũng giống như nhiều chùa Khmer khác, Chùa Dơi là một công trình kiến trúc có giá trị thẩm mỹ, là nơi tập hợp toàn vẹn các yếu tố tạo hình, được kết hợp chặt chẽ và hỗ trợ lẫn nhau trong một thể thống nhất. Cái đẹp và sức thu hút của Chùa Dơi chính là cảnh quan gần gũi với thiên nhiên, một quần thể kiến trúc tôn giáo Khmer hòa quyện với môi trường sống của loài dơi hoang dã./.